Već u oktobru 1963.godine, u 16. godini postojanja Fakulteta, uspostavljena je postdiplomska nastava. To je prvi vid postdiplomske nastave na Sarajevskom Univerzitetu u BiH uopšte pa i širem okruženju. Bio je monokursan i pod naslovom: “Uvod u medicinska naučna istraživanja”, te kao takav izvođen je do 1969.godine kada je Odlukom Vijeća nastavnika postdiplomska nastava reorganizovana na način da je I godina bila zajednička za sve profile upisanih postdiplomaca a u II godini kandidati su se dijelili u 5 smjerova:
1. Bazične medicinske znanosti
2. Internistički smjer
3. Hirurški smjer
4. Socijalna i preventivna medicina
5. Stomatološki smjer, a kasnije su im pridodati:
– Kurs medicine rada
– Kurs za ljekare opšte medicine i
– Kurs za ocjenu radne sposobnosti.
Tokom vremena otvarani su i novi smjerovi: Eksperimentalna-laboratorijska medicina, Pulmologija, Socijalna medicina i Organizacija zdravstvene zaštite, Informatika i ekonomika zdravstva, Medicinska ekologija, Porodična medicina, te čitava grupacija kliničkih smjerova. 1986 godine formiran je Centar za postdipldodmski studij i kontinuiranu edukaciju. 1992 godine na Fakultetu je bilo 26 smjerova postdiplomskog studija. Do 31 decembra 2006 godine naučni rezultat postdiplomskog studija na Medicinskom fakultetu u Sarajevu je 657 realiziranih magistarskih radova, odnosno 657 promoviranih magistara nauke.
U periodu agaresije na BiH (1992 – 1995) prostori Fakulteta kao i Klničkog centra, ranije UMC-a (Univerzitetski medicinski centar) kao nastavne baze Fakuleteta doživili su neslućena i nerauzmna razaranja, neki od kadrova su napustili grad i Fakultet dok su oni koji su ostali pod nevjerovatnim uslovima uspijevali da održe kontinuitet rada i puni obim plana i programa nastave. Sticajem okolnosti u prostore Fakulteta bilo je pored četiri zdravstvena Fakulteta smješteno i još 7 drugih fakulteta Sarajevskog Univezrieta jer su ostali bez svojih prostora za rad. I u takvim uslovima kada su se oni koji su ostali u opkoljenom Sarajevu borili sa nedostatkom struje i vode, hodali između granata i u vrijeme kada je ljudski život bio jeftiniji od puščanog zrna, nastavnici, saradnici i studenti su nastavili kontinuitet rada smatrajući to svojom profesionalnom, moralnom i etičkom obavezom prema svom narodu i svojoj Državi.
Najveći gubitak za Fakultet su izgubljeni životi mladih studenata kao i poginulih i teško ranjenih kolega koji su u to doba čvrsto ustrajavali na humanim i etičkim noramama svoje buduće profesije. Ovdje donosim njihova imena:
1. Dilberović (Atif) Suada, rođena 1968.godine iz Dubrovnika
2. Pavlović (Dragana) Igor, rođen 1969. g. iz Sarajeva
3. Merzić (Mustafa) Haris, rođen 1965.g. iz Sarajeva
4. Golijanin (Radenko) Goran, rođen 1967.g. iz Sarajeva
5. Shehab Khalid Ahmed Mohamad, rođen 1963. g.iz Sudana
6. Džano (Muhamed) Melinda, rođena 1968.g.iz Sarajeva
7. Poprženović (Alaga) Amela, rođena 1970.g.iz Bihaća
U to vrijeme na Fakultetu su diplomirala 144 studenta – doktora medicine. Bilo bi pogrešna konstatacija da je odlazak jednog broja nastavnika i saradnika bilo na agresorsku stranu bilo iz drugih razloga bitno poremetio kadrovsku stukturu Fakulteta. I ostala nastavna i naučna aktivnost obzriom na uslove od 1992. do 1995.godine bila je vrlo impozantna. Postdiplomska nastava je realizirana kroz izradu i odbranu magistarskih tema postdiplomaca koji su prije početka agresije ili u toku rata stekli za to potrebne uslove. Na Fakulatetu je realizirano 7 znanstvenih projekata tematski pretežno vezanih za ratnu problematiku u medicini. Pored toga urađena je i uspješno odbranjena 21 doktorska disertacija, a Fakultet je bio organizator ili suorganizator 9 naučnih simpozija. Značajan broj profesora Fakulteta bili su kao eksperti uključeni u projekte Ministarstva zdravstva, Akademije nauke i umjetnosti BiH, Svjetske zdravstvene organizacije isl.
Mirovni sporazum kojim je okončan rat, koncem 1995.godine, pred uposlenike i akademsku zajednicu Fakaulteta servirao je skoro potpuno devastirane prostore Fakulteta sa uništenom opremom i nedostatkom sredstava za rad.
U obnovu se krenulo donacijama: Evropske unije, Kanadske vlade, Austrijske humanitarne organizacije HOPE 87, Ambasade SAD itd, te vlastitim sredstvima Fakulteta. I pored toga nivo opremljenosti Fakulteta još uvijek nije na razini onog predratnog.
Ovaj poslijeratni period uopšte je karakterisan sa stanovništvom koje uveliko pati od posttraumatske stresne bolesti od čega ni studenti pa ni uposlenici Fakulteta nisu bili pošteđeni. To je osnovni razlog što se u prvih 10-tak godina poratnog perioda bilježi loša prolaznost i mali trud među studentima i nastavnicima na prevazilaženju ovog problema.