Upravljanje Medicinskim fakultetom ostvaruje se kroz sljedeće funkcije:
Organizacija Fakulteta
Medicinski fakultet Univerziteta u Sarajevu ostvaruje svoju obrazovnu, naučnoistraživačku i zdravstvenu djelatnost putem katedri, instituta, centara i nastavnih baza.
Osnovna organizaciona jedinica za izvođenje nastavnog i naučnoistraživačkog rada je katedra.
Pored katedri, važnu ulogu u radu Fakulteta imaju i instituti, koji, osim naučnoistraživačke, obavljaju i zdravstvenu djelatnost.
U sastavu Fakulteta djeluje i Centar za interdisciplinarne biomedicinske studije (CIBS), koji je usmjeren na razvoj savremenih multidisciplinarnih programa i projekata u oblasti biomedicine, s fokusom na međunarodnu saradnju i inovacije u obrazovanju i istraživanju.
Nastavne baze Medicinskog fakulteta čine javne zdravstvene ustanove koje ispunjavaju odgovarajuće prostorne, tehnološke i kadrovske standarde potrebne za kvalitetnu realizaciju nastavnonaučnog procesa.